La sera del 15 settembre 1993, nel suo 56º compleanno, dopo ripetute minacce, fu ammazzato Don Pino Puglisi, davanti al portone di casa. Ai suoi killer mafiosi disse soltanto: "Me l'aspettavo". Era la prima volta che la mafia uccideva un prete. Lo uccisero per rabbia, per paura, per invidia, perché dall’altare li aveva chiamati animali, perché era diventato una spina nel fianco. Era un elemento di sovversione nel contesto dell’ordine mafioso, conservatore e opprimente, al quale appariva intollerabile che egli avesse scelto di schierarsi, senza ambiguità, dalla parte di deboli ed emarginati, appoggiando progetti di riscatto provenienti da cittadini onesti, che coglievano l’ingiustizia della propria emarginazione e intendevano cambiare il volto del quartiere, desiderosi di renderlo più accettabile, accogliente e vivibile.